本发明公开了高流动性高韧性聚碳酸酯/聚对苯二甲酸乙二醇酯合金及其制备方法,按质量百分比计,其原料配方由如下组分组成:60~84聚碳酸酯、8%~30聚对苯二甲酸乙二醇酯、0.01%~0.1%的酯交换催化剂、7%~10.0%的乙烯‐辛烯共聚物、0.3%~1.0%的扩链剂和0.1%~0.5%的抗氧剂;所述的酯交换催化剂为乙酰丙酮钴、乙酰丙酮镧或乙酰丙酮钐。本发明以催化酯交换、异氰酸酯扩链以及乙烯‐辛烯共聚物增韧的方法得到具有高流动性、高韧性,并保持较高热变形温度的聚碳酸酯/聚对苯二甲酸乙二醇酯合金。