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空间单细胞病理 数据分析软件

单位名称:澳门大学 联系人:谢先生 联系方式:02081309552 邮箱:1079017915@qq.com 地址:澳门
所属地域
广东省
专业领域
生物技术和新医药
专利状态
已申请专利
成果权属
本人
项目阶段
小批量生产阶段
合作方式
技术转让
合作方拟投入资金
101~500万元

详细介绍

    空间单细胞技术不仅可以获取单细胞的信息,还可以得知细胞之间的空间关系信息。使得生物学家的研究不局限于一个个的细胞,而可以直接研究整个细胞网络,组织微环境以及组织微观结构。而空间单细胞数据的分析难度和成本巨大,我们通过开发针对该数据的分析软件,帮助非数据科学家也能独自开展空间单细胞的数据分析工作。软件具有优秀的用户体验设计,包含许多空间分析算法,具有较低的硬件配置要求。期望解决空间多组学数据的整合分析问题和加入人工智能算法对空间单细胞病理数据进一步利用。

    项目已完成所有的原型模块的开发,其中空间分析模块,邻近分析模块,基础统计模块均完成原型开发,可视化模块原型代码已全部完成,且上述模块仍在持续改进中(https://github.com/Mr-Milk/SpatialTis)。完成主框架的研发及原型系统的思想,在预期功能均已全部实现的基础上,我们针对部分的计算密集型模块采用了 Rust语言进行重写以达到极高的性能。部署了持续集成的工作流,每一次修改提交都将进行自动化测试与构建。现阶段测试覆盖率超过80% 。软件的 架构文档与使用指南已完成撰(https://spatialtis.readthedocs.io/),并针对该软件包撰写了相关的教程和样本数据。基于原型系统开展相应的验证分析,项目采用两个已发布的数据对软件进行了验证 ,成功重复原始文章中的结果(https://github.com/Mr-Milk/SpatialTis-Tutorial)。软件已足够在学术界用于数据分析。